微生物多样性测序（又称扩增子测序）是利用高通量测序技术对16S rRNA/18S rRNA/ITS/功能基因等特定区段的PCR产物进行测序，获得环境、人体等样本中的微生物群落结构、进化关系以及微生物与环境、宿主的相关性等信息。

三代微生物多样性是基于 PacBio 测序平台，利用单分子实时测序（SMRT Cell）的方法对 marker 基因进行测序，之后通过对 CCS序列过滤，得到 Optimization-CCS 进行 OTUs 聚类，并进行物种注释及丰度分析，可以揭示样品的物种构成

通过向样品DNA中添加已知不同拷贝数混合的Spike-in DNA序列（Spike-in DNA是人工设计合成的 设计的可变区与公共数据库中保存的核苷酸序列缺乏一致性，作为内标序列用于定量），共同进行 DNA，其 PCR扩增、扩增 子文库构建和测序，再根据Spike-in DNA在扩增子测序中获得的序列数和其理论绝对拷贝数绘制标准曲线，实现 对样本中的各微生物的绝对定量。

宏基因组学（Metagenomics），也称元基因组学，利用新一代高通量测序技术（NGS）以特定环境下微生物群体基因组为研究对象，在分析微生物多样性、种群结构、进化关系的基础上，可进一步探究微生物群体功能特性、相互协作关系及与环境之间的关系，发掘潜在的生物学意义。此外，可以使用宏基因组拼接组装获得的contigs进行binning组装，并通过质量评估和筛选，获得高质量的bins，可以对指定的Bin进行基因组组装，并在基因组层面进行分析。 与传统微生物研究方法相比，宏基因组测序技术规避了绝大部分

ONT三代宏基因组测序是采用三代测序技术对人体、动物等样品中全部微小生物的基因组DNA进行测序，可以解读微生物群体的物种和功能多样性，其长读长的优势在解析可移动元件，分析物种间的基因转移潜力与传播途径方面更具优势。

宏转录组学通过对生态环境中所有微生物的转录本进行高通量测序，从整体水平上研究某一特定环境、特定时期菌群群体全部基因转录情况以及转录调控规律，以揭示微生物在不同环境压力下的适应机制，探索环境与微生物之间的相互作用机理的组学技术；这种技术不仅具有宏基因组技术的全部优点，可以检测环境中的活性微生物，对活性转录本以及活性功能进行研究，还可以比较不同环境下的差异表达基因和差异功能途径。

宏病毒组（Metavirome）是某类样本中所有病毒（virus）或病毒类似物（virus-like-particle）及其所携带遗传信息的总称。宏病毒组学（Metaviromic）是在宏基因组学理论的基础上，结合现有的病毒分子生物学检测技术而兴起的一个新的学科分支，直接以环境中所有病毒的遗传物质为研究对象，能够快速准确的鉴定出环境中所有的病毒组成，是一种发现新病毒、 病毒感染预警和控制的有力手段，在病毒的起源和进化模式、遗传多样性和地理分布等研究方面也具有重要意义。

利用二代和三代测序技术，利用PacBio Sequel IIe/Nanopore平台和Illumina平台，de novo组装获得基因组完成图并进行生物信息分析

通过二代和三代测序技术，利用PacBio Sequel IIe/Nanopore平台和Illumina平台，进行de novo基因组组装，获得基因组精细图，并进行后续分析

利用二代测序技术，构链特异性文库，探究原核生物在某个时期或特定环境条件下转录出来的所有mRNA