根据真核生物参考基因组，针对高通量测序数据进行表达量计算，获得基因表达差异及差异基因功能富集等信息，定量描述RNA世界，探索基因表达奥秘。

无参考基因组的真核生物转录组项目使用Illumina测序平台，获得测序原始数据后，首先进行质控拼接，并进一步对拼接所得转录本进行功能注释、SNP、SSR标记开发等分析

物种间存在广泛的相互作用，包括寄生、共生、竞争等，互作转录组，无需分离两物种，只构建一个转录组文库便可得到两个物种的信息

全转录组的研究不再局限于mRNA，同时涵盖了种类丰富，数量庞大的调控型非编码RNA分子（包括miRNA，lncRNA和circRNA等）。

Small RNA利用高通量测序平台，对样本中富集到的18-32 nt的小RNA片段进行测序分析，实现small RNA序列的鉴定、靶基因分析和功能注释等多项分析

IncRNA （Long non-coding RNA）是一类编码能力弱，且长度超过200nt的长链RNA,通常其在生物体中表达丰度较低。IncRNA可通过cis/trans作用方式直接调控靶基因转录，也可作为分子海绵吸附miRNA，抑制其与mRNA的结合，从而达到调控转录作用。

circRNA （circular RNA）是5'端和3'端共价结合形成闭合环状的非编码RNA，其广泛存在于动植物中，且具有物种保守性和组织特异性。

全转录组的研究不再局限于mRNA，同时涵盖了种类丰富，数量庞大的调控型非编码RNA分子（包括miRNA，lncRNA和circRNA等）。